立志成为一名考古学者的小狼和古楼国的公主－樱从小青梅竹马。两人虽然互有爱意，但是谁都没有勇气开口。一天夜晚，樱落入了由于为了获得樱所拥有的改变世界的力量而设计陷害他的飞王的阴谋，而失去了全部的记忆。变成羽毛的记忆也飞到了各个时空中。为了拯救樱，小狼开始了通向异次元的行程...在次元魔女郁子的摩可拿的引导下,,小狼和小樱来到了"鸟笼国"那里的人们和鸟类为伴和平共处......可是由于国王的暴政,,反叛者们对鸟类施以暴行用不可思议的羽毛力量统治国家的国王最终他所拥有的究竟是不是小樱的记忆呢? 草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。 分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。 
