故事始于2046年,为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人,宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员,初中生美加子(武藤寿美配)也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。美加子离开地球后,她的同班同学小昇(铃木千寻配)仍然能收到来自宇宙的问候——美加子时常发来短信告知近况,只是随着距离的扩大,短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧!”对方都这么想着。可是,美加子终于杳无音信了。8年后,小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了:“24岁的小昇你好,我是15岁的美加子哦!……”手机屏幕上映出这样的话来。 “闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A’s)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的,分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中,随着宣告试验开始的ReinForceII(统御之力zwei)的声音,拉开了“StrikerS”故事的序幕。 半年前的一连串遭遇,彻底改变了三年级小学生高町奈叶(田村由香里配音)的人生,她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚(水桥香织饰),并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎(水树奈奈配音)成为莫逆好友。新学期开始,菲特以小学生的身份转入奈叶的班级,一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚,奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔(真田麻美配音)等三名违法渡行者的袭击,她们的魔导器也被破坏。新的危机,新的对手,一切朝着不可预知的方向发展……