在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明饰）、达拉姆（松田優饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…… 故事开始于四百多年前的日本战国时代。阳炎（三石琴乃配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。一次偶然中，烈火邂逅了名为佐古下柳（增田由纪配音）的女孩，柳和烈火一样异于常人，她拥有能够治愈伤口的超能力。就这样，烈火成为了对柳忠心耿耿的忍者，这让一直默默喜欢着烈火的雾泽风子（平松晶子配音）感到十分不快，风子内心的黑暗情绪让她成为了影法师的傀儡，站到了烈火的对立面。 某天，一群来自Picto星球的外星人莅临地球，他们心怀叵测，发誓要将所有的地球人变成野篦坊（日本民间传说中没有五官通体白色的妖怪），进而吞并全银河系最为落后的地球。危机当前，美国（小西克幸配音）、英国（杉山纪彰配音）、法国（小野坂昌也配音）、俄罗斯（高户靖广配音）、德国（安元洋贵配音）、意大利（浪川大辅配音）等曾经势不两立的大国放下芥蒂，虽然争吵不断，但还是决心和外星入侵者决一死战。各国派出自己最高精尖的武器和军队，可是全部被Picto星人白化。形势愈演愈烈，各国只好深入虎穴，闯入对方的飞碟母舰中……本片根据同名漫画改编，为该动画片的剧场版。 东京大决战结束，十年一晃眼就过去了，日本以地区为单位分裂成为了一个个小国家，各自为王。森友望未（小泽亚李配音）是自警团的新人研修生，无论是长相、个性或是成绩都中不溜秋的她在某一日突然产生了想要横跨日本列岛诸国的念头。说干就干，就这样，森友望未踏上了旅程。性格内向有些还有的路痴少女小坂结季奈（日高里菜配音）、活泼开朗不拘小节的元气少女响逢衣（种田梨沙配音）以及身份神秘的虎牙少女御园千绫（花守由美里配音），一路上，森友望未结识了各种各样善良的同伴们。在领略沿途风景的同时，四个女孩亦背负起了维护和平的光荣使命。 国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们…… 相原琴子（水树奈奈配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重雄（岛田敏配音）将琴子托付给了自己的好友，没想到这名好友居然就是直树的父亲！就这样，琴子和朝思暮想的直树开始了同居生活，而在朝夕相处中，直树是否会对琴子的印象有所改观呢？ 
