日本建设部官员川村康宏在职期间被认为大量搜集美国方面的机密，为防止对本国构成危害，美国方面派遣CIA官员跟踪川村，时刻准备夺回据说藏有机密的U盘。在行动之初，CIA发现杀手约翰·雷恩（椎名桔平饰）也介入进来。约翰是美日混血儿，越战之后受训成为成为一名独行杀手，足迹遍布世界各地，成为令美国政府颇为头痛的人物。当川村步入地下铁时突遭心脏病身亡，而那支U盘下落不明。在此之后，CIA、日本警察、日本黑帮相继行动起来，他们共同将目光锁定在川村的女儿阿绿（长谷川京子饰）和约翰的身上……本片根据美国惊悚小说名家贝瑞·艾斯勒（BarryEisler）的处女作、也是“杀手约翰·雷恩系列”（assassinJohnRainseries）的第一部改编。 1945年4月，第二次世界大战接近尾声。日本方面，业已77岁高龄的铃木贯太郎（山崎努饰）经天皇裕仁（本木雅弘饰）的劝说，同意出任新一届的首相。在随后的组阁中，陆军大将阿南惟几（役所广司饰）确认为陆军大臣的人选。在此期间，希特勒饮弹自尽，欧洲战场尘埃落定，日本站在了历史的十字路口。以畑中健二（松坂桃李饰）等少壮派军人为代表的主战派摩拳擦掌，等待和同盟国进行本土决战。政府高层方面则出于各种考虑，就是否终止战争进行激烈讨论。东京大空袭、《波茨坦公告》、长崎-广岛原爆。时间一分一秒流逝，各方势力的碰撞也到了关键时刻…… 1937年12月13日，时为国民政府首都的南京城沦陷，部分官员弃城逃亡，但仍有许多官兵留守，誓死保卫这个大厦将倾的城池。宋锡濂部军官陆剑雄（刘烨饰）协同战友与日军展开了激烈的巷战，他们微弱而顽强的抵抗最终被压制，数以万计的中国军民成为俘虏，在枪炮声中血染长江；金陵女子学院安全区，女教师姜淑云（高圆圆饰）奔波往复，尽力帮助和拯救所有来此避难的同胞，但兽性大发的日军早已虎视眈眈盯上了藏身于此的妇女；拉贝的秘书唐先生（范伟饰）小心应付，委曲求全，为了保护家人而做出错误的选择，他也为此付出代价；舞女小江（江一燕饰）纵使逃亡避难也不愿抛却女性的柔媚，她在关键时刻的选择则在其女性的外壳下注入一份刚强；日本人角川（中泉英雄饰）随部队进驻这个千疮百孔、破败不堪的城池，在这个人间炼狱，他的心灵感受到前所未有的巨大冲击。狼烟滚滚，血流成河，大时代的背景下，人们既要承受时代的无情给予，也要做出攸关命运的痛苦抉择…… 
