0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织奥古，在以布莱德为首的领导层指挥下，持续着艰苦卓绝的斗争。成为这一时期奥古主力的战士，是以名叫捷多·亚西塔的少年为首的一群来自殖民卫星的孩子，而捷多的座机，正是当年阿纳海姆社以卡繆为中心所进行开发的Z计划最后的作品枣可变型机动战士MSZ-010高达ZZ，捷多的恋人露·鲁卡则搭乘Z高达，其余同伴亦分别乘坐高达MKⅡ等机种。与阿姆罗、卡繆一样，捷多也是一样强大的NEWTYPE，然而似乎也正因如此，同样难逃悲剧性事件的围绕：在战场上接触到的新吉恩NEWTYPE少女璞露，以及璞露的克隆体璞露2（读作璞露茨），与捷多产生共鸣并消除敌意，但却又随之先后为保护捷多而丧生……在露的鼓励下，捷多终于从沮丧中摆脱出来，同时，露亦创下击毙新吉恩叛军首领格雷米的战绩。终于，在0089年1月17日，以奥古为核心的联邦军，向阿克西斯发动了最后的进攻。战斗如火如荼地展开了，为各自所相信的理想、信念而争个不休，同时进行着对决的捷多与哈曼，在一轮恶斗后，以哈曼·卡恩之死迎来了这场动乱的结束。随着和平的曙光再次降临，捷多与露一起踏上了前往木星的旅途。对他们而言，出生入死的人生经历已经结束，新的生活正在前方招手。然而对于宇宙间多数平民百姓，真正的和平什么时候才能到来呢？ 这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。 与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机…… 
