1800年前，人类恶念凝聚而成的怪物—八歧大蛇肆虐人间，被以草薙家族为首的武术家们用三件神器封印。 现代，世界综合格斗大赛 - THE KING OF FIGHTERS（简称KOF）召开，全世界的格斗高手集聚南镇。草薙家族的传人-草薙京来到南镇之后，他敏锐地感觉到了大蛇之力的复苏，一切迹象表明KOF大赛背后隐藏着一个巨大的阴谋。 随着KOF大赛的召开，所有的队伍，抱着各自的目的，渐渐被命运之手拉到了一起。而幕后的邪恶势力已然布下了天罗地网，准备将所有的格斗家一网打尽。正义与邪恶的对决一触即发！
近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―
