三轮元(小泽征悦饰)年幼时遇到过一个非常善良的老师,因此毕生的志愿就是成为一名和他一样的老师。师范毕业之后,三轮元被派往偏僻的乡村小学就职,那里的孩子们自幼出生在贫困的家庭之中,问题多多,难缠的家长和冥顽不灵的学校领导让三轮元四面楚歌,焦头烂额。尽管情势十分的不乐观,但三轮元仍旧没有放弃希望,他发起了“萤火虫饲养计划”,希望能够通过这一举动加深师生之间的羁绊。琪琪(菅谷梨沙子饰)从小生活在破碎的家庭之中,性格十分的孤僻冷漠,但是她却相信,只要能够放飞萤火虫,就能够重新获得失去的母爱。 在平行世界设立了一所为了培训未来会协助光之美少女的妖精而设立的妖精学校。某天,学校寄邀请函请光之美少女们参加派对,但妒忌光之美少女的学生古莱鲁此时却与被他从“影水晶”中释放出的心之暗影一起行动,并连续袭击校内的妖精和光之美少女们。