到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源-X在今年死亡。另外一重大发展则是史卡利发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命厌倦，而举枪自杀。 沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。 1957年某晚，居住在美国加州莫哈维沙漠小镇中的天文学家泰德•刘易斯博士（艾瑞克•麦柯马克EricMcGormack饰）正为爱妻拉娜（乔蒂•汤普森JodyThompson饰）准备结婚周年纪念的烧烤晚餐，突然发现一颗流星从天而降坠毁在不远处的小山坡上。同样目睹流星飞过的还有小镇餐馆女服务员泰米（詹妮•拜尔德JenniBaird饰）。泰德前去查看，发现“流星”竟是一艘外星飞碟，自己也被外星人“厄普”俯身。厄普在泰米的帮助下全力搜寻逃匿的独眼外星怪兽“格塔”，却依然赶不上“格塔”吃人的速度。更可怕的是，一旦“格塔”开始以几何级数速度分身，将陷整个地球于不可挽回的危险之中。 
