为了想看鲸鱼的结衣，桐人等人一起挑战ALO世界的水中任务，但却发现莉法不会游泳的惊愕事实，于是亚丝娜、西莉卡、莉兹贝特等人决定在现实世界的室内游泳池为她做特训…...，而桐人要与某人见面。 宇宙历八世纪末、帝国历五世纪末，银河帝国和自由行星同盟的战争已持续150年，帝国庞大的疆土却毫无秩序可言，同盟也早已丧失建国的初衷，漫长的战争似乎永远不会终结。在这个混乱的时代下，少年莱茵哈特·冯·缪杰尔经历着坎坷的童年，他的母亲早年车祸身亡，身为穷贵族的父亲破罐破摔，美丽善良的姐姐安妮罗杰用心操持家中的一切。搬家后，莱茵哈特与邻家少年齐格飞·吉尔菲艾斯成为好友，吉尔菲艾斯则悄悄爱慕着安妮罗杰。好景不长，安妮罗杰被父亲安排献给皇帝，愤怒的茵哈特和吉尔菲艾斯报考幼年士官学校，希望有朝一日救出姐姐，而在此期间他们对这个腐朽的帝国也发生了不可告人的看法。军校毕业后，两位好友双双赶赴前线。宇宙历792年（帝国历483年）自由行星同盟为了攻陷银河帝国最重要的军事据点伊谢尔伦要塞，派遣第五次远征队出发。这就是第五次伊谢尔伦要塞攻略战。金发小子和红发小子他们即将在茫茫宇宙中，与毕生的宿敌杨威利完成初次的对决…… 成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。 在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。 
