在天下失序、列强割据的战乱时代,僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎,他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后,孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺,在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀,危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断,但渐渐成了好朋友。白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎,他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员,他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的,对他来说,寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。罗狼与无名之间的生死对决拉开了帷幕…… 14年前,初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击,使世界发生前所未有的巨变。在此之后,葛城美里(三石琴乃配音)等NERV旧部出走,成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香(宫村优子配音)和真里(坂本真绫配音)夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣(绪方惠美配音),但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意,懵懂的真嗣跟随绫波丽(林原惠美配音)登上突然入侵的九号机,返回了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外重逢朝思夜想的绫波,还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰(石田彰配音)共同驾驶十三号机。长达14年的空白,期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。