作品讲述了《英雄传说 空之轨迹》中的艾丝蒂尔、约修亚，同《伊苏》系列的主人公亚鲁特等人，因不明原因被召唤到了异世界“世外桃源”，在那里原本被设定为好人的角色成为了坏人，而本来就是怪人的家伙则会变得更加奇怪。各位英雄人物们为了从这个歪曲事理的世界返回原先的地方，便成立了“Falcom学园”。于是，打破常规的全明星无厘头的故事就此展开。 マシロを護る事が出来なかったことを後悔しているアリカは、外出禁止とされ、行方不明のマシロを探しに行けず、もやもやしていた……。一方、ニナとナオはアルタイのベルーハ山に来ていた。前時代の遺跡に手がかりを求めて……。ところが遺跡の中は無数のトラップが仕掛けられていた。果たして二人は無事、遺跡の中枢へたどりつけるのか?!その頃、マシロは黒い谷から脱出出来ずにいる。三者三様の決意を胸に、新たな事件が起こる……。 ヴィントを襲った大事件の後、アリカは黒い谷と共に消えてしまったマシロを探し旅を続けていた。そして、エアリーズへの道中でさっそく起こったのが、アリカの乗ったバスのバスジャック事件！卑劣なテロリストに立ち向かうために登場したのは我らがヒーロー（!?）のハルカ・アーミテージ准将だった！今回の主役はハルカ准将、バスジャック犯を相手に大暴れ!! マイスターオトメになったというのに単位の足りないアリカ・ユメミヤは、今日もガルデローベで補習授業を受けていた。そんな平和な日々のなか突然、惑星エアルに巨大隕石が迫る。この未曾有の危機を前に、初めて各国が協力し、マイスターオトメによる隕石迎撃作戦が行われる！しかし、それは新たな物語の序章であり、惑星エアル史上最大の危機の幕開けだった!! 遺跡に眠っていた旧時代の惑星殲滅用兵器が目覚めようとしていた……。ニナは黒い谷のマシロたちに合流するも、何も出来ない自分にひとり悩んでいた。一方アリカはマシロを探しに向かう。ナツキたちは惑星殲滅兵器対策にヴィントに戻る。遂に各国の惑星殲滅兵器が復活してしまい、各国オトメたちが応戦するも、善戦むなしく惑星エアルの最大の危機が迫る。マイスターオトメを次々に石化した敵・真祖も完全体となり、マシロたちの前に立ちふさがる。絶体絶命のマシロたちの前にアリカが合流するが……。 
