成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。 在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。 1996年11月30日公开。全国松竹系剧场にて上映。出崎统监督作品。OVAシリーズの流れを汲む作品で、原作にはない剧场用オリジナルストーリーとして製作したもの。音楽はOVA版KARTE6より参加した川村栄二が担当、主题歌は山根麻衣『InvisibleLove』。本作最大の特徴は、キャラクターも含めた作品そのものの米国风のデザインや、患者が血を吐くシーンや头をぶつけるシーンなどに使われた、サーモグラフィー切り替えによる演出などである。当时の最新の技术を极限まで用いた演出と、出崎监督特有の「ハーモニー」や「阴影」、「入射光」などもあり、人间の「生死」や「苦悩」をリアルに演出している。なお、2005年末、手塚眞监督によって再び映画化された作品がブラック・ジャックふたりの黒い医者であるが、内容は本作とは全くの別物。なお、前述の2005年度に公开された映画の予告に於いて「初の映画化」と謳っているうえ、一般的なイメージとしてはこちらの映画の方が强いために、本作のイメージは薄れつつある（※公式サイトの豆知识にメディア化作品が记载されているこの作品もそれに记载されているため否定しているわけではない）。ただしDVDレンタルはされているため见ることができる。セルDVDでの発売もされているが、こちらは在库切れが相次いで入手困难の状况にある。公开当年の1996年の12月、秋田书店からフィルムコミックが発売されている。全2巻。（1巻：ISBN4-253-17328-4、2巻：ISBN4-253-17329-2）1999年末、よみうりテレビ･日本テレビ系列にて地上波TV放送された。2008年12月31日（23时45分-25时30分）TOKYOMXにての地上波局としては异例の、年を跨いでのアニメ作品放映という形で実施された。 
