明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。 各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开…… 在一次离奇的案件行动中，警察马进（谢霆锋 饰）击毙连环杀手“将军”（高伟光 饰），却被对方射穿心脏，命悬一线，意外之下接受了心脏移植手术。时隔一年半，国际上惊现数宗与“将军”作案手法完全一致的惊天大案，康复后的马进主动请缨，与犯罪心理学教授车家伟（刘青云 饰）联手展开调查。随着案情深入，马进发现了车教授身上藏有鲜为人知的秘密，车教授对“换心”后的马进也产生了特别的兴趣。在二人互相试探、智斗暗涌的过程中，马进妻子莫秀（范晓萱 饰）与神秘女子陈相茹（佟丽娅 饰）也逐渐卷入事件，一场危及全港百万人生命的大战悄然引爆…… 在一次离奇的案件行动中，警察马进（谢霆锋饰）击毙连环杀手“将军”（高伟光饰），却被对方射穿心脏，命悬一线，意外之下接受了心脏移植手术。时隔一年半，国际上惊现数宗与“将军”作案手法完全一致的惊天大案，康复后的马进主动请缨，与犯罪心理学教授车家伟（刘青云饰）联手展开调查。随着案情深入，马进发现了车教授身上藏有鲜为人知的秘密，车教授对“换心”后的马进也产生了特别的兴趣。在二人互相试探、智斗暗涌的过程中，马进妻子莫秀（范晓萱饰）与神秘女子陈相茹（佟丽娅饰）也逐渐卷入事件，一场危及全港百万人生命的大战悄然引爆…… 
