17世纪，中国尚处在清朝统治时期。阴阳混浊，世道艰险。受阴气滋养，许多尸体渐渐化作强大邪恶的僵尸，危害人间。这时期，茅山道士下山铲除妖秽，拯救世人。某墓内将军尸体化作鬼王，威力无比。一群道士与之大战，战斗中发生爆炸，无数人遇难，鬼王和带队的茅山师傅不知踪影，只有四个徒弟逃出生天。 四名弟子追踪僵尸踪迹来至大方伯村，村中有一以腌制腊肉为生的姜姓富户。姜老爷（于荣光 饰）为儿子讨过几房老婆，却皆死于非命。适逢新一房媳妇过门，四名茅山弟子无意中发现姜家一个奇怪的风俗…… 方世玉（李连杰饰）、雷婷婷（李嘉欣饰）、陈家洛（郑少秋饰）一行抵达红花会总舵。红花会事业蒸蒸日上之余，帮内争权夺势的斗争亦未停息，堂主于镇海（计春华饰）因不满父亲传位陈家洛，几次三番找人行刺未果，方世玉出面当众斥责，两人结下仇怨。陈家洛命世玉等人抢夺扶桑武士护送的一锦盒，虽有苗翠花（萧芳芳饰）出手相助，但任务失败，期间世玉再次相遇对其芳心暗属的两广总督之女安儿（郭蔼明饰）。为再次抢夺锦盒，方世玉受命接近安儿，却被两广总督算计，危急时刻安儿救得世玉等人性命。世玉辱命，被陈家洛假意废去武功，锦盒之内的秘密被于镇海发现，李国邦（元奎饰）身死，陈家洛被囚，于镇海坐上总舵主之位。方世玉伤愈归来，准备不惜代价铲除红花会叛徒。 清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子…… 
