故事发生在志城南中学，桂木真己（花江夏树配音）是刚刚转来这里念书的学生，从小到大和母亲过着相依为命生活的他性格有些内向，但实际上，真己是一个心思非常细腻体贴的男孩。在机缘巧合之中，真己加入了学校的软式网球部，这项运动彻底改变了真己的中学生活，给他的校园回忆留下了浓墨重彩的一笔。个性非常认真的网球部部长新城柊真（畠中祐配音）、性格桀骜不驯，常常语出惊人的雨野树（松冈祯丞配音）、异常体贴，总是害怕给别人添麻烦的布津凛太郎（佐藤元配音）、大大咧咧容易冲动的曽我翅（丰永利行配音），和真己一起挥洒汗水的，还有这些个性迥异的部员们。 现代社会之中，校园欺凌事件屡禁不止，成为学校和社会的难题。身材肥胖个性内向的有田春雪（梶裕贵配音）便是长期欺凌的受害者。性格懦弱的春雪无法反抗欺凌者，唯有躲在网络之后，靠玩躲避球游戏来发泄愤怒。一来二去之间，春雪竟然成为了校园内躲避球游戏得分第一位。有着“黑雪公主”之称的学生会副会长黑雪姬（三泽纱千香配音）出现在了春日的面前，黑雪姬不仅制止了对于春雪的欺凌，更邀请他进入了名为“BrainBuster”的方程式，在其中，春日化身成为拥有千倍思考速度的超频连线者，被卷入了激烈的战斗之中。黑雪姬召集春日等人的目的只有一个，那就是重组昔日“黑之王”的军团。 炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。 讲述在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管—— 炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。 
