西暦2203年、銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生じた。異次元断層から別の銀河が現れ、核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。古代進は宇宙戦艦ヤマトの艦長として地球防衛軍の命を受け調査に向かった。かつての盟友デスラー率いるガルマン・ガミラス帝国は壊滅的な被害を受けていた。そんな中、その異次元断層から恒星間空間を回遊する水惑星「アクエリアス」が現れ、ディンギル星を水没させる。ヤマトはディンギル星から一人の少年を救った後地球に向かうが、ディンギル帝国の艦隊の攻撃にあい、航行不能となる。しかし、落下中の衝撃で自動操縦システムが働き、ヤマトは負傷した乗組員を乗せたまま地球へ向かう。地球は帰還したヤマトの情報から水惑星の存在を確認。接近してくる水惑星を避けるために各惑星やスペースコロニーへの避難を開始したが、ディンギル艦隊の巧みな戦術とハイパー放射ミサイルの攻撃の前に避難船団や地球艦隊は全滅していき、地球は封鎖されていく。ディンギルの長ルガール神官大総統は新たな移住先として地球を目指していた。そして地球に移住するためにディンギル人の取った方法とは、自らの星を水没させた水惑星「アクエリアス」を人工的にワープさせることで、同じく地球を水没させて地球人類を絶滅させた後に移住するというもの。帰還したヤマトから奇跡的に救出された古代進は恋人森雪の懸命の看護で一命を取り留めたが、自分の判断ミスにより多くの乗組員の命を犠牲にしたと艦長を辞任する。その頃、ルガール2世率いる艦隊は地球艦隊を撃滅し、一歩一歩地球に向かっていた。これに対抗するのは、もはやヤマトしかなかった。古代もヤマトに乗り込もうとするが、自身が艦長を辞任したことで躊躇する。しかし、ヤマトの第一艦橋で聞いた初代艦長沖田十三の声にヤマトに乗り組む決意をする。ヤマトの船出の日、地球防衛軍長官より驚愕の発表がされた。ヤマトの艦長が沖田十三であることを。沖田はイスカンダルへの航海の途中、ヤマトの艦医佐渡酒造の診断で死亡とされたが脳死には至っておらず、ヤマトのために戻ってきた。よみがえった沖田のもと、全地球の祈りを受けヤマトは発進した。 公元2220年，曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而经历了较长一段和平时期的地球，却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系靠近，人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机，人类开始实行浩大的移民计划，借助运输船的帮助，人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。然而在这一过程中，运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者，继而遭到毁灭性的打击，古代进的妻子阿雪也在最近一次护航行动中失踪。离地球毁灭不足一个月，古代进临危受命成为第三次移民团的护航舰队总司令，全新的大和号也在这次移民中复活登场……本片根据松本零士的同名原著改编。 主人公乔万尼是一个贫困家庭的孩子，他要靠努力打工来养活被疾病困扰的妈妈。他的好朋友康佩内拉家境富裕，家中有很多书籍，他常常无私地邀请穷苦的乔万尼去他家一起阅读。有一天上自然科学课，老师拿出了银河的图片让同学们回答，当乔万尼被点到的时候，他明知答案，因为曾经在康佩内拉家一起在书上读过，但他却自卑担心答错而不敢回答，最终被一些同学耻笑。而为了保全乔万尼的面子，康佩内拉也故意对老师提出的问题沉默不答，而被老师和同学误以为连他这样的好学生也不懂。在银河节的那天，乔万尼在路上遭到了同班同学贾奈利的嘲弄。贾奈利随后吆喝同学们前往河边，参加晚上的银河节水灯大会，可是乔万尼却无法参加，因为他还要回家照顾妈妈。终于，他累倒了。于是他躺在山坡顶上休息。过了不知多久时间，他突然他听到一种奇怪的声音，于是睁开眼，意识到自己正在跟康佩内拉乘坐一辆在星际中的银河轨道上行驶的列车中。路途中，他们看见了许多难以置信美丽而又奇异的景象，还看见了许多人在白色的沙子和水晶中发掘化石，还有人捕捉白鹭，并用它们来制造糖果。一切的种种，都仿佛梦境一般的不可思议……他们又遇见了两个孩子与一位青年教师。从他们的交谈中，乔万尼得知刚才他们搭上了一艘撞上冰山而沉没的轮船，所以现在他们才进到这列车里来，隐隐暗示这辆列车的乘客身份其实并不寻常。当列车到达南十字座站的时候，其他乘客都下车了，车厢里只剩下了乔万尼和康佩内拉。两位好朋友相约永不分离。但当列车驶到煤袋星云站的时候，乔万尼才发觉康佩内拉已经离他而去，消失不见了。这时候，乔万尼醒过来了。他到城里头，发现众人聚集在桥头上，才发现原来之前贾奈利不小心从船上掉到河里去，而康佩内拉跳进河里救他。结果贾奈利被安全地救了上来，而康佩内拉却不幸再也没有浮出水面。原来所谓的“银河铁道”，是带领死者灵魂回归天国的哀伤列车…… 东汉末年，世道离乱，十常侍祸乱后宫，危及朝廷，娃娃皇帝接连遇害，外戚只手遮天，专权其上。西凉军阀董卓（滝口顺平配音）趁机入主洛阳，戕害大臣，其义子吕布奉先（津嘉山正種配音）更是以一当百的军神。在外则有张角（乡里大辅配音）领导的黄巾军打着“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的旗帜掀起农民起义。世道离乱，群雄逐鹿。中山靖王之后刘备（あおい輝彦配音）在命运的感召下，与关羽（青野武配音）、张飞（石田太郎配音）相逢，最终桃园三结义，加入了群雄争霸的浪潮。曹操（渡哲也配音）、袁绍、袁术、公孙瓒等各路豪杰相继登上历史舞台，从而拉开了三国争霸的序幕…… 对一代日本人而言，知名漫画书《赤足小子》已经成为日本民众遭受战争灾难的缩影，也时刻提醒人们警惕军国主义再度抬头。《赤足小子》作者中村启二担心，原子弹爆炸60年后，日本人正在忘却历史教训。漫画中，一名在广岛被炸废墟上由笑转哭的小男孩成为当时大多数日本人的写照。〝66岁上，我是曾遭原子弹轰炸的人中最年轻的一个。但是，10年之后，我可能不在了，〞中村说。〝不久，可能就没有人留在人世讲述了。〞根据自己童年的真实经历，中村塑造了同样在原子弹爆炸中失去父亲和兄妹的〝赤足小子〞——源。虽然距爆炸中心不足700米，但中村幸存下来。 知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！ 
