陸奥圓明流外伝修羅の刻第一部宮本武蔵編时值江户时代初期，在德川幕府刚刚完成统一的日本国内，是一个乱世中还拥有着理想的人们比拼自己本领，赌上自己生命战斗的时代在这些人中，有着最高呼声的巨人“宫本武藏”遇上了“修罗”。这是一场以最强者为目标的，男人之间宿命的对决。 草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。 描写的是从宇宙历七九五年、帝国历四八六年十月的第三次迪亚马特会战到宇宙历七九六年、帝国历四八七年二月的亚斯提会战之间的情节。帝国军的年轻上将莱因哈特和同盟军的不败英雄杨威利在片中初次显示了他们的实力。它的配乐采用了交响乐来衬托其气势，舰队对战时声势甚为浩大。片中还穿插了杨、拉普和洁西卡的三角关系。除此以外，基本上是正传的1、2集的重复与补充。 连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。 
